В состав Ассоциации ведущих университетов входят две крупные группы вузов, каждая из которых имеет свою специфику, обусловленную соответствующим статусом - статусом федерального университета или национального исследовательского университета. 

Для обмена опытом и совместного поиска решений по специфическим для каждой из этих двух групп вузов вопросам в рамках Ассоциации сформированы две Специальные Секции: 

  1. Секция национальных исследовательских университетов 
     
  2. Секция федеральных университетов

Как и в случае с Предметными Секциями, участие в работке Специальных Секций является открытым для всех вузов Ассоциации вне зависимости от их статуса.